Il rettore Guarini aveva invitato il Papa all’inaugurazione dell’anno accademico e la visita era prevista per il 17 gennaio 2008. Nei mesi precedenti, il rettore aveva comunicato la sua decisione al Senato accademico, ben felice che un Pontefice (così come avevano fatto Paolo VI nel 1964 sempre alla Sapienza e Giovanni Paolo II a Roma Tre nel 2002) varcasse le soglie di una università. Ratzinger avrebbe dovuto svolgere un saluto al termine della cerimonia e non una lectio magistralis, come erroneamente fu al principio comunicato. Ma tanto bastò a sollevare le polemiche. Prima con un intervento sul Manifesto di Marcello Cini, poi con una lettera firmata da 67 docenti della facoltà di Fisica e apparsa il 23 novembre. Benedetto XVI non parlò alla Sapienza, limitandosi a mandare il testo del suo intervento.